Музей ведет свою историю с 1913 года. Изначально созданный как городской музей наглядных пособий, в 1929 году он был преобразован в краеведческий. В 2001 году в связи с открытием подразделения – картинной галереи – получил статус историко-художественного. В 2013 году музей отметил свой 100-летний юбилей. В связи с этим администрацией Борисоглебского городского округа было принято решение о переводе музея в двухэтажный особняк конца XIX века, принадлежавший аптекарю Р. К. Вейсу.
Первая экспозиция «Сибирский коридор» в новом здании музея была открыта в конце 2015 года. Она посвящена первой в истории России «Выставке декабристов» и личности ее организатора – князя С. М. Волконского. Действуют экспозиции «Борисоглебск купеческий», «ХХ век. Начало», «Археология Воронежского Прихоперья», «В оружии познание времен». На базе экспозиции действуют образовательные программы «Мир русской усадьбы» и «Город, история, люди».
